A Secção de Basquetebol foi fundada antes de 1940, e tem um dos historiais mais gloriosos dentro da AAC, apresentando vários títulos de Campeão Nacional.
O trajecto vitorioso iniciou-se em 1948-49, com a conquista do 1º Campeonato Nacional da I Divisão, em Seniores Masculinos. Durante longos anos, a Secção de Basquetebol tem vindo a conquistar inúmeros títulos, sendo actualmente a Secção que mais prémios colectivos trouxe para a Direcção Geral da Associação Académica de Coimbra. No último ano, a AAC regressou ao escalão máximo do basquetebol português, após 17 anos de ausência. O Palmarés da nossa Secção:
| 1948-49 | Campeão Nacional da I Divisão | Seniores Masculinos |
| 1949-50 | Campeão Nacional da I Divisão | Seniores Masculinos |
| 1953-54 | Campeão Nacional | Juvenis Masculinos |
| 1954-55 | Campeão Nacional da I Divisão | Seniores Masculinos |
| Campeão Nacional | Juvenis Masculinos | |
| 1957-58 | Vencedor da Taça de Portugal | Seniores Masculinos |
| 1958-59 | Campeão Nacional da I Divisão | Seniores Masculinos |
| Campeão Nacional da I Divisão | Seniores Femininos | |
| 1959-60 | Campeão Nacional da I Divisão | Seniores Masculinos |
| Campeão Nacional | Juvenis Masculinos | |
| 1960-61 | Campeão Nacional | Juniores Masculinos |
| 1963-64 | Campeão Nacional da I Divisão | Seniores Femininos |
| 1966-67 | Vencedor da Taça de Portugal | Seniores Masculinos |
| 1967-68 | Campeão Nacional da I Divisão | Seniores Femininos |
| Vencedor da Taça de Portugal | Seniores Femininos | |
| 1968-69 | Campeão Nacional da I Divisão | Seniores Femininos |
| Vencedor da Taça de Portugal | Seniores Femininos | |
| 1969-70 | Campeonato Nacional da I Divisão | Seniores Femininos |
| 1970-71 | Vencedor da Taça de Portugal | Seniores Masculinos |
| Vencedor da Taça de Portugal | Seniores Femininos | |
| 1971-72 | Campeão Nacional da I Divisão | Seniores Femininos |
| 1973-74 | Campeão Nacional da I Divisão | Seniores Femininos |
| 1975-76 | Campeão Nacional da I Divisão | Seniores Femininos |
| Campeão Nacional da II Divisão | Seniores Masculinos | |
| 1976-77 | Campeão Nacional | Juvenis Masculinos |
| 1977-78 | Campeão Nacional | Juniores Masculinos |
| Campeão Nacional | Juvenis Masculinos | |
| 1978-79 | Campeão Nacional | Juniores Masculinos |
| Campeão Nacional | Juvenis Masculinos | |
| 1990-91 | Campeão Nacional da II Divisão | Seniores Masculinos |
| 2000-01 | Vencedor da Taça Nacional | Júniores “A” Masculinos |
| 2000-01 | Vice-Campeão Nacional da II Divisão | Seniores Femininos |
| 2001-02 | Campeão Nacional | Iniciados Masculinos |